Bağışıklık sistemini güçlendirip, insan vücudunun hastalıklara karşı korunmasını sağlar. Bağırsağa yakın bölgedeki lenf dolaşımını uyarması ile de patojenlere karşı antikor üretiminde kilit rol oynar. Bağırsak Florası bağışıklık sisteminin gelişmesi ve hayat boyu devamlılığı için önemlidir. Bir bebek doğduğu andan itibaren bağırsağına yerleşen bakteriler sayesinde bağışıklık sisteminin tepkisine etki eder. Sağlıklı bir bağırsağa sahip olan bireyler alerjik reaksiyonların oluşmasını engeller. Bebeklik döneminde şekillenen bağırsak florası dolayısıyla bağışıklık sistemi ilerleyen yaşlarda antijenlere karşı oluşacak alerjik reaksiyonları belirler..